Jakiej wersji Koha używasz? Z tego co udało mi się ustalić to od wersji 3.16.0 nie ma już problemów z polskimi znakami. Jeżeli używasz jakiejś wcześniejszej wersji, a nie chcesz aktualizować z jakichś powodów (chociaz polecam), to możesz spróbować samemu zaaplikować patch naprawiający błąd. Prawdopodobnie błąd poprawiony jest tutaj:
bugs.koha-community.org/bugzilla3/show_bug.cgi?id=8375 